Département de Génétique Moléculaire des Cancers

• Recherche d’instabilité des microsatellites ou phénotype MSI
• Hyperméthylation du promoteur du gène MLH1
  Tests moléculaires somatiques recherchant une déficience du système MMR (MisMatch Repair) indiqués dans un contexte de suspicion de syndrome de Lynch et/ou dans le cadre de traitement par immunothérapie.
• Mutations somatiques tumorales : typage à visée théranostique
  • Analyses MALDI-TOF (MassARRAY) : cette technique, centrée sur les mutations directement actionnables (panels colon, mélanome, poumon) permet un rendu de résultats rapide et adapté à la prise en charge thérapeutique des patients.
  • PCR digitale en émulsion pour l’analyse notamment de biopsies liquides (ADN tumoral circulant)
  • Next Generation Sequencing (NGS) : panel de 52 gènes pour une recherche plus étendue de mutations actionnables permettant l’orientation des patients vers des essais de thérapies ciblées guidés par la génomique, après discussion des résultats au sein de la RCP moléculaire d’Alsace pilotée par les HUS et l’ICANS.

• Recherche de transcrits de fusion à visée théranostique dans les tumeurs solides et les sarcomes : cette recherche fait appel au séquençage NGS par RNASeq ciblé et permet d’identifier des variants et partenaires de fusion connus ou nouveaux. La recherche simultanée de plusieurs cibles oncogéniques limite l’utilisation de tissus tumoraux précieux et minime.
• Transcrits de fusion à visée diagnostique des sarcomes des tissus mous : Ewing, Rhabdomyosarcome, Synovialosarcome, par RT-QPCR ciblée
• Méthylation du promoteur du gène MGMT, prédictive de la réponse au Témodal® des glioblastomes, par technique de pyroséquençage
• Mutations constitutionnelles associées à un risque de thrombose : Facteur V Leiden, prothrombine (facteur II) et mutations du gène MTHFR.
• Recherche de polymorphismes prédictifs de réponse ou de toxicité aux traitements (Pharmacogénétique)
• Génotypage de l’UDP-glucuronyltransférase 1A1 (UGT1A1) pour la prédiction des risques d’effets indésirables au décours d’un traitement par l’irinotécan à forte dose ainsi que pour le diagnostic de la maladie de Gilbert.
• Génotypage des polymorphismes du gène TPMT permettant d’identifier les patients présentant un risque de développer une toxicité grave au décours d’un traitement par thiopurines (Purinethol® ou Imurel®).
• Génotypage des cytochromes CYP3A4 et CYP3A5 pour l’adaptation posologique du Tacrolimus®.

Ces analyses, en place depuis 2008, ont été développées en partenariat avec les pharmacologues (Pr L. Monassier, Dr E. Ayme-Dietrich) et le Département Universitaire de Pharmacologie, Addiction, Thérapeutique et Toxicologie (DUPATT).

Dans le cadre de la prise en charge des hémopathies malignes, nous réalisons au  niveau de la région Alsace l’étude moléculaire de ces cancers. Nous proposons un catalogue d’analyses exhaustif permettant le diagnostic, le suivi et la prise en charge thérapeutique des affections myéloïdes et lymphoïdes. Ces analyses, accréditées (NF ISO15189), font l’objet d’évaluations nationales et internationales (GBMHM, IARC).

• Recherche et identification de transcrits de fusion récurrents au diagnostic et suivi quantitatif au cours de la maladie résiduelle après traitement par RT-PCR quantitative dans les leucémies aigues et chroniques.
• Recherche de mutations ciblées à visée diagnostique, pronostique et/ou théranostique dans les leucémies aigues myéloïdes et les syndromes myéloprolifératifs chroniques.
• Recherche de mutations du gène ABL par séquençage Sanger, dans les résistances aux traitements par inhibiteurs de tyrosine kinase des leucémies.
• Détermination du statut mutationnel des gènes IgVH dans la leucémie lymphoïde chronique.
• Recherche de mutations par séquençage nouvelle génération (NGS) dans les leucémies aigues myéloïdes, syndromes myéloprolifératifs, syndromes myélodysplasiques et syndromes lymphoprolifératifs chroniques.
• Analyse de la clonalité lymphoïde par étude des réarrangements des gènes des Ig/TCR.
• Quantification du chimérisme post allogreffe de moelle.

Analyses constitutionnelles

Ces analyses visent à identifier les variants pathogènes associés à la prédisposition héréditaire suspectée d’abord chez le cas-index puis chez ses apparentés (tests ciblés). Toutes les analyses en constitutionnel doivent être précédées d’un conseil génétique en consultation de génétique oncologique avec signature d’un consentement.

Des analyses en séquençage moyen débit :

• Le Panel HBOC, pour la prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire, BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, CDH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM (délétion 3’UTR, région intergénique, région promotrice MSH2) (Moretta J et al. Bull Cancer. 2018 Oct;105(10):907-917).
• Le Panel Tumospec, gènes complémentaires dont l’association avec les syndromes sein-ovaire est suspectée, vient en complément du panel HBOC et fait l’objet d’une étude nationale, à laquelle nous participons.
• Le Panel Tube, pour la prédisposition héréditaire aux cancers digestifs et gynécologiques (syndrome de Lynch, polyposes associées aux polymérases), polyposes adénomateuses familiales différents types de polyposes hamartomateuses (polyposes juvéniles, Peutz-jeghers, polyposes mixtes, syndrome de COWDEN)
• Il inclut actuellement 14 gènes (APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM (délétion 3’UTR, région intergénique, région promotrice MSH2, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4 et STK11). S’y associent 4 gènes en émergence (CTNNA1, MSH3, NTHL1, région intergénique SCG5-EPCAM) selon l’expertise GGC-Unicancer 2019 (Dhooge M et al., Eur J Med Genet. 2020 Dec;63(12):104080).
• Le panel pancréas (exclusivement dans les formes familiales de cancer du pancréas sans mélanomes ou cancer du pancréas isolé précoce. Il inclut les gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM (délétion 3’UTR, région intergénique, région promotrice MSH2), CDKN2A, CDK4, et PRSS1 (selon contexte), ATM sur demande.
• Le panel C-MMR-D pour les suspicions de syndrome de déficit constitutionnel sur les gènes MMR. Il inclut les gènes MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM (délétion 3’UTR, région intergénique, région promotrice MSH2).
• Les formes familiales de carcinomes gastriques diffus héréditaires ou cancer gastrique diffus isolé précoce : les gènes concernés sont CDH1 et CTNN1A.                                                                                                                                      

Tests ciblés

Nous effectuons également des tests ciblés pour les gènes suivants BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, APC, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, POLD1, POLE, MUTYH, APC ainsi que pour EPCAM (délétion 3’UTR, région intergénique, région promotrice MSH2. La long range PCR va être développée pour PMS2.

Ces tests visent à confirmer ou infirmer la présence ou l’absence de variants de classe 3 à 5 de certains gènes inclus dans les différents panels soit par séquençage Sanger pour les mutations ponctuelles, soit par MLPA pour les anomalies du nombre de copies, confirmation des variants identifiés en NGS sur prélèvement indépendant ou bien tests ciblés chez les apparentés.

Analyses à visée théranostique

Elles sont effectuées soit en constitutionnel soit sur tumeur, selon les ATU et AMM correspondantes

• En constitutionnel, analyses BRCA pour les pancréas métastatiques, cancers du sein métastatiques HER2-, cancer de la prostate résistant à l’hormonothérapie.  La procédure est identique aux autres analyses constitutionnelles
• Sur tumeur, analyses BRCA pour les cancers avancés de l’ovaire, des trompes ou du péritoine ainsi que pour les cancers de la prostate résistant à l’hormonothérapie

Toutes les analyses en constitutionnel doivent être précédées d’un conseil génétique avec signature d’un consentement. Les analyses sur tumeur en première intention doivent également être précédées d’une information concernant la nécessité éventuelle d’une consultation de génétique oncologique.

Dans le cas d’une analyse sur tumeur en première intention, la consultation de génétique oncologique doit être proposée si pertinent au vu de l’histoire personnelle et familiale ou si un variant délétère est identifié. Il faut en effet définir le caractère somatique exclusif ou constitutionnel détecté sur la tumeur.

> En savoir plus : Guide des examens de laboratoire

• Dr Laurent VALLAT – Coordonnateur du département (laurent.vallat@chru-strasbourg.fr)
• Dr Eric GUERIN – Coord. adjoint du département
• Carole REVIL – Cadre de santé (carole.revil@chru-strasbourg.fr)
• Anne-Claire VOEGELI – Responsable qualité (anne-claire.voegeli@chru-strasbourg.fr)

Biologistes UF Oncologie moléculaire et pharmacogénétique

• Dr Eric GUERIN, MCU-PH (responsable UF) (eric.guerin@chru-strasbourg.fr)
• Dr Erwan PENCREACH, PH
• Dr Anne-Claire VOEGELI, PH
• Dr Damien REITA, MCU-PH

Biologistes UF Hématologie moléculaire

• Dr Laurent MIGUET, MCU-PH (responsable UF) (laurentyannick.miguet@chru-strasbourg.fr)
• Pr Laurent MAUVIEUX, PU-PH
• Dr Laurent VALLAT, MCU-PH

Biologistes UF Génétique oncologique moléculaire

• Dr Christine MAUGARD, PH (responsable UF) (SecretariatOncobiologie@chru-strasbourg.fr)
• Dr Rémy HELLER, PH
• Dr Amélie BOICHARD, MCU-PH

Biologistes UF Développement en oncobiologie

• Dr Erwan PENCREACH, MCU-PH (responsable UF) (erwan.pencreach@chru-strasbourg.fr)
• Pr Michèle BEAU FALLER, PU-PH (clinicienne associée)

Ingénieurs

• Dr Anaïs MOCKEL
• Dr Valérie RIMELEN
• Dr Cédric SCHLEISS
• Mme Inès SCHULTZ

• Automates d’extraction d’acides nucléiques :
  • QIAcube (Qiagen)
  • 2 Maxwell RSC (Promega)
• Dosage et qualification d’acides nucléiques :
  • Nanodrop ND-1000 et ND-2000 (Thermo Scientific)
  • Qubit 2.0 (Life Technologies)
  • Bioanalyzer et TapeStation (Agilent)
• Thermocycleurs (Applied Biosystems, Biometra, Eppendorf)
• PCR digitale en émulsion : 1 QX200 (BioRad)
• PCR quantitative temps réel :
  • 1 LightCycler capillaire (Roche)
  • 2 LightCycler 480 (Roche)
• Séquenceur capillaire : 1 ABI 3500xl (Thermofischer)
• Pyroséquenceur : 1 Pyromark Q24 (Qiagen)
• Robot de préparation de librairies de NGS (Agilent)
• Séquenceurs haut-débit : 2 MiSeq, 1 NextSeq 550 (Illumina)
• MALDI-TOF : 1 MassARRAY (Agena)

Les médecins et pharmaciens biologistes du département sont affiliés à l’Unité INSERM UMR-S1113 (Interface de recherche fondamentale et appliquée en cancérologie) (u1113-inserm.fr) ainsi qu’à l’Unité CNRS UMR 7021 CNRS (signalisation tumorale et cibles thérapeutiques) de la faculté de pharmacie de Strasbourg (pharmacie.unistra.fr/umr7021).

• Plateforme Labellisé de Génétique Moléculaire des Cancers par l’Institut National du Cancer (INCa).
• Décision ARS DOS/SA2/LD/216/12/n°767 du 26/12/2016 autorisant la poursuite de l’activité d’examen des caractéristiques d’une personne ou de son identification par empreintes génétiques à des fins médicales.
  www.agence-biomedecine.fr/Autorisation-des-etablissements-ou
• Agrément pour la pratique des examens des caractéristiques génétiques d’une personne à des fins médicales : les biologistes du laboratoire ont obtenu auprès de l’Agence de la Biomédecine les agréments nécessaires à leur activité
  www.agence-biomedecine.fr/agrement-praticiens-genetique